肌には色素細胞という細胞があり、紫外線が当たると紫外線から肌を守るという目的でシミの元となるメラニンを作ります。ハイドロキノンは紫外線が色素細胞にあたった際にメラニンを作るために出てくる酵素を抑制し、メラニンの生成を抑制します。

ハイドロキノンを使用することによる副作用は肌の赤み、ひりひり感、かぶれが主なものです。アレルギーを起こしやすいという性質もあり、傷やできものなどがある部分にハイドロキノンを塗布することで傷などが悪化することもありますので、使用に際しては医師の診察が必要です。
また、ハイドロキノンは安定性が悪いため、古いハイドロキノンを使用した場合、ひりひりなどの刺激感を強めてしまう可能性もあります。
ハイドロキノンを塗った後、強い紫外線に当たると、ハイドロキノンを塗った部分のシミが濃くなるということもあります。